Указом императора Александра II 15 (27) июня 1885 года на основе Главного управления путей сообщения и публичных зданий образовано Министерство путей сообщения. Первым министром путей сообщения стал Павел Петрович Мельников.
Министерство путей сообщения (МПС) — центральный орган государственного управления в Российской империи, СССР и Российской Федерации (до 9 марта 2004 года), обеспечивавший проведение единой политики в сфере водного, сухопутного и железнодорожного транспорта, а также осуществлявший общее руководство в области транспортного сообщения.
27 (15 по ст. ст.) июня 1865 года император Александр II издал Указ об учреждении Министерства путей сообщения России, что и считается официальной датой образования МПС России.
Началом систематической деятельности правительства в области путей сообщения в России было издание в 1649 году положения об охране судоходства. При Петре I учреждена Коммерц-Коллегия, наблюдавшая за сухопутными дорогами. После ряда преобразований в 1755 году управление в этой области перешло к Канцелярии строения государственных дорог.
В 1798 году образован "Департамент водных коммуникаций", позднее переименованный в "Управление водяными и сухопутными сообщениями", затем в "Главное управление путей сообщения", а с 1833 года по 1842 год носящий название Главное управление путей сообщения и публичных зданий. В 1842 году в управлении был создан Департамент железных дорог.
В 1913 году эксплуатационная длина сети составила 58,5 тыс. км; было перевезено 132,4 млн т грузов и 184,8 млн пассажиров. С 1931 года министерство (наркомат в 1917—1946 годах) занималось исключительно железнодорожным транспортом.
Указом Президента Российской Федерации от 9 марта 2004 года № 314 "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти" МПС России упразднено. Функции упраздненного министерства — федерального органа исполнительной власти переданы: Министерству транспорта Российской Федерации, Федеральной службе по надзору в сфере транспорта и Федеральному агентству железнодорожного транспорта.
Часть функций управления переданы в ОАО "Российские железные дороги", созданного 1 октября 2003 года.
