С 1939 по 1944 год в Ладожском озере действовала Ладожская военная флотилия в составе Балтийского флота. Во время Великой Отечественной войны в 1941—1944 годах большая часть побережья Ладожского озера была оккупирована германскими и финскими войсками.
В юго-западной части озера с сентября 1941 года по март 1943 года действовала "Дорога жизни", связывавшая находящийся в блокаде город Ленинград с остальной территорией страны. Дорога была организована в сентябре 1941 года от порта "Осиновец" по Ладожскому озеру: в навигацию — водным транспортом на Кобону (35 км) и Новую Ладогу (135 км), в ледостав — автомобильным транспортом на Кобону.
18 июля 1942 года по дну Ладожского озера был проложен трубопровод для подачи топлива в осаждённый Ленинград. За это время по "Дороге жизни" было доставлено 1,6 миллиона тонн грузов и эвакуировано на "Большую землю" более 1,3 млн человек.
