Музей расположен в здании Мальтийской капеллы, построенном в 1800 году выдающимся зодчим Джакомо Кваренги и входящем в комплекс зданий Воронцовского дворца, где с 1810 по 1918 год размещался Пажеский Его Императорского Величества корпус.
Когда Павел I стал в 1799 великим магистром Мальтийского ордена св. Иоанна Иерусалимского, архитектор Дж. Кваренги, сам рыцарь этого ордена, выстроил для своих собратьев в 1798–1800 годах капеллу при большом дворце канцлера М. И. Воронцова, где разместился орденский капитул. Капелла примыкала к южному фасаду главного здания дворца.
По словам французского аббата Жоржеля, побывавшего в капелле вскоре после её освящения, интерьеры "поражают необычностью, неожиданностью и вместе красотой, живописностью, богатством и простотою". В оформлении зодчий использовал коринфские колонны синего стюка, пышную лепку и декоративную роспись.
Освящение вмещавшего 1000 человек храма во имя Иоанна Крестителя совершил 17 июня 1800 года митрополит Станислав Богуш-Сестренцевич, командор Большого креста ордена св. Иоанна. После смерти Павла мальтийские рыцари, жившие в Петербурге, пользовались храмом до 1817 года, после чего ордену пришлось покинуть Россию.
В 1810 году имущество ордена было передано в казну, и в здание переехал Пажеский корпус. Мальтийская церковь перешла под попечение обер-камергера гр. Ю. П. Литты и стала домовой не только для воспитанников-католиков корпуса, но, прежде всего, для иностранных дипломатов. Богослужения в ней велись на латинском и французском языках; только в конце XIX века стали служить и на русском.
Капелла, имевшая хоры, была в 1835 году отреставрирована. В 1853 к ней пристроили часовню с мраморной гробницей герцога Максимилиана Лейхтенбергского, зятя Николая I, куда перенесли предметы из домовой церкви герцога, существовавшей с 1840 года в усадьбе Сергеевка под Петергофом.
Гробницу и её скульптурные украшения сделал академик А. И. Теребенев. Окно в часовне украсил витраж итальянской работы с изображением свв. Максимилиана и Евгении, а алтарь в 1861 году — большой образ, принадлежащий кисти А. И. Шарлеманя.
В 1890 году архитектор А. Д. Фиалковский произвёл капитальный ремонт интерьера. В 1909 году здесь был установлен новый орган фирмы Валкер, заменивший прежний, который происходил из Таврического дворца.
Из примечательных предметов в храме хранились: напрестольный золоченый крест со св. мощами, ризы малинового бархата — подарок Павла I и портрет гр. Ю. П. Литты. Об учреждении мальтийского ордена напоминала мраморная доска, укреплённая на стене.
Перед революцией настоятелем служил о. Сигизмунд Лозинский, профессор католической Духовной академии. После восстания эсеров, центром которого был Воронцовский дворец, церковь была 16 июня 1918 закрыта одновременно с православной.
Убранство вывезено из капеллы в 1930, когда помещение уже занимал военный клуб; орган передан Малому оперному театру. С 1958 в бывшей капелле размещался актовый зал Суворовского училища. 19 октября 1998 года в нём, после реставрации, открыт Музей истории кадетских корпусов России.
Музей истории кадетских корпусов как филиал Военно-исторического музея артиллерии, инженерных войск и войск связи создали по решению Министерства обороны Российской Федерации.
В экспозиции музея отражена история кадетских корпусов до 1917 года, кадетских корпусов русской эмиграции, военных спецшкол, подготовительных училищ, суворовских и нахимовских училищ советского периода, кадетских корпусов, создаваемых в настоящее время. В Мальтийской капелле проводятся концерты классической музыки.
