В 1991 году по результатам референдума 54 % (при явке 64 %) ленинградцев высказались за возвращение городу названия Санкт-Петербург. 6 сентября 1991 года указом Президиума Верховного Совета РСФСР оно было возвращено, 21 апреля 1992 года внесено в Конституцию РСФСР[30] (данная поправка вступила в силу 16 мая 1992 года). Десяткам городских названий возвращены их исторические имена.
4 октября 1991 года был возвращен ряд исторических городских наименований:
Михайловская улица (до этого улица графика и живописца Исаака Израилевича Бродского), Большая и Малая Конюшенные (Желябова и Софьи Перовской), Миллионная (Халтурина), Фурштадская (Петра Лаврова), Гороховая (Дзержинского), Шпалерная (Воинова), Конногвардейский бульвар (Профсоюзов), Большой Сампсониевский проспект (Карла Маркса), Каменноостровский проспект (Кировский), Сенная площадь (Мира), Троицкий мост (Кировский), Пантелеймоновский мост (Пестеля) и другие.
Название Михайловской улицы происходит от Михайловского дворца (ныне здания Русского музея). Михайловская улица явила перспективу на дворец со стороны Невского проспекта. В 1918 году улицу переименовали в улицу Лассаля, в честь немецкого социалиста Фердинанда Лассаля (1825—1864), а в 1940 году — в улицу Бродского, в честь графика и живописца Исаака Израилевича Бродского (1883—1939), который проживал на Михайловской улице с 1924 года до конца жизни; здесь же находилась его творческая мастерская. В 1991 году улице было возвращено её старое, первоначальное название.
Большая и Малая Конюшенная улицы получили названия по Конюшенному двору — зданию императорских конюшен на Конюшенной площади. Названия появились в 1776 году. С октября 1918 по 4 октября 1991 года улицы носили имена Желябова и Софьи Перовской, соотвественно. 8 декабря 1997 года в середине Малой Конюшенной улицы открыт бронзовый памятник Николаю Васильевичу Гоголю (скульптор Белов Михаил Владимирович, архитектор Васильковский Владимир Сергеевич).
В 1991—2007 годах в Санкт-Петербурге было установлено много памятников, среди них — Ф. М. Достоевскому, маршалу Г. К. Жукову, С. А. Есенину и другие. Отреставрированы и восстановлены Михайловский замок, Константиновский дворец, храм Спаса на Крови и многие другие. В то же время, в течение постсоветских лет были безвозвратно утрачены или заменены "новоделом" многие памятники архитектуры. Испорчены некоторые исторические виды, снесены целые кварталы уникальной исторической застройки, признаны градостроительные ошибки.
В 2001 году начинается строительство Кольцевой автодороги вокруг Петербурга, 15 декабря 2004 года открывается Большой Обуховский мост, известный как "Вантовый мост". Продолжается развитие метрополитена: в 1999 году введён в эксплуатацию участок Правобережной линии (линия 4) от станции "Чкаловская" до станции "Старая Деревня", в 2005 открыта станция Комендантский проспект и другие, а позже в системе была организована пятая линия метро.
В 2000 году был построен Ледовый дворец, в котором прошёл чемпионат мира по хоккею 2000, а в 2008 петербургский клуб Зенит выиграл почётный кубок УЕФА. Город стал главным российским и одним из главных европейских центров парусного и водно-моторного спорта.
27—31 мая 2003 года на российском и мировом уровне отпраздновано 300-летие Санкт-Петербурга. К этой знаменательной дате была в полном объёме восстановлена Янтарная комната (из калининградского янтаря). В настоящее время доступна для посещения в Екатерининском дворце.
