В Великую Отечественную войну подвалы Зимнего были приспособлены под бомбоубежища, в 12 помещениях дворца до 1942 года постоянно проживали жители блокадного Ленинграда, скрываясь от бомбёжек, около 2000 человек. Здесь же укрывали некоторые музейные коллекции Эрмитажа, также культурные ценности из пригородных дворцов и различных учреждений Ленинграда, которые не успели эвакуировать.
В войну Зимний пострадал от обстрелов и бомбардировок немецкой армии. Повреждения получили Малый тронный зал, Гербовый зал и перекрытия Растреллиевской галереи, Иорданская лестница. В те страшные годы и внешний вид дворца оставлял желать лучшего.
... Дворец вновь обнесен лесами. Здания за ними почти и не видно. Но зато, когда упадут эти леса, предстанет перед нами старый Зимний таким, каким его задумали строители: будет он легкий, нежный, как бы сквозной, — чудесный дворец нашей Северной Пальмиры. А ведь чуть было не задохся Зимний! И только потому, что неправильно был покрашен.
Несколько лет назад покрыли стены дворца ярко-оранжевой краской, а колонны его — белой. Стоял он, похожий на большой мухомор. Но беда была еще не в цвете, а в том, что оранжевая краска-то эта была масляной. Ведь каждый дом дышит порами своих стен так же, как мы, люди, дышим порами кожи. А тут масляная краска накрепко закупорила поры дворцовых стен, и воздух перестал проникать сквозь них, не проветривал их, не просушивал. И в стенах, точно злокачественная болезнь, завелась кое-где сырость, стала подтачивать штукатурку, стала разъедать лепные украшения.
Скорей надо содрать эту вредную краску — пусть вольно дышит Зимний дворец! Но масляная краска—краска цепкая; очень трудно ее отодрать. Пробовали удалять ее пескоструйным аппаратом — струей песка, бьющей из шланга, — нельзя: лепные украшения не позволяют развернуться аппарату. Думали краску особым раствором смыть — призвали на помощь химиков, но и из этого ничего не вышло. Краска на Зимнем не поддается ни машине, ни растворам, ее спять можно только человеческой рукой. И вот человеческие умелые руки, вооруженные простым маленьким топориком, стучат теперь но стенам дворца, отбивают смертоносную краску...